機房精密空調具有高精度、反應靈敏、基于微處理器的控制系統，可以對外界環境的變化快速做出反應，從而保證環境變化保持在穩定環境所需的整定值范圍之內。舒適性空調通常包括有限的基本控制系統，無法足夠快速地做出反應，來保證所需的溫度差。
機房精密空調空調通常采用高中效過濾器，使空氣中的塵埃減至最少，而舒適性空調采用粗效過濾器，無法去除足夠的塵埃顆粒;機房精密空調的設計時按照全面八千七百六十小時運轉設計的，組件有冗余功能，這會大大提高可靠性，降低運行和運維的成本。
機房專用空調具有恒濕的功能，保護機房設備不會因為濕度過大而損壞。而舒適性空調并沒有這個功能。舒適性空調的溫差范圍在 1℃ ，而機房精密空調的溫差范圍在 0.1℃ 甚至更高。機房精密空調中高效過濾器，保證了機房的無塵環境。 而舒適性空調，僅具備了低效過濾器。機房精密空調雖然初期投資要比舒適性空調高，但其終年無休的運行，可靠性相比舒適性空調要高好幾個等級。
